Depuis la naissance de l'écriture, chez les Sumériens, nous avons trace des premiers balbutiements de l'aquariophilie ou l'art de garder des poissons captifs dans un but ornemental. Ils furent les premiers aquariophiles : des bassins décoraient en effet leur temples dédiés au dieu poisson Oannes et leurs écrits contiennent de nombreuses références aux poissons.
On trouve de nombreux vestiges de bassins datant de l'époque romaine, néanmoins il semble que les premiers à avoir maintenu des poissons dans un but esthétique furent les Chinois, qui domestiquèrent le fameux poisson rouge vers 950. En 1369 l'empereur chinois Hongwu lance une fabrique de porcelaine qui produit de grandes récipients destinés à accueillir des poissons rouges; avec le temps ces pots ressembleront de plus en plus au "traditionnel" bocal à poisson rouge morderne. Selon d'autre sources le vase-aquarium est inventé en 1547 sous la dynastie Ming et se popularise très rapidement. Un traité (écrit par Zhang Qiande) est dédié au poisson rouge en 1596. Les peuples chinois sont à l'origine de nombreuses sélections de cet animal. L'élevage et la sélection de carpes koï a commencé il y a plus de deux mille ans. En Asie du Sud-Est, le combattant du Siam est élevée depuis plusieurs siècles pour participer à des combats sur le même principe que les combats de coqs.
En Occident, les carassins sont les premiers poissons importés pour la maintenance en bac. Au XVIIIe siècle la Cour de Versailles connaît la mode des poissons rouges connus sous le nom de cyprins dorés ou daurades de Chine. En 1836, peu après avoir inventé le précurseur du terrarium moderne, Dr Nathaniel Bagshaw Ward (1791-1868) propose d'utiliser son invention pour des animaux tropicaux, ce qu'il fait en 1841 avec des plantes aquatiques (et des poissons factices). En 1838, Félix Dujardin annonce détenir un aquarium d'eau de mer, bien qu'il n'utilise pas encore ce terme. En 1846, Anna Thynne maintient des coraux durs et des algues marines pendant presque trois ans à Londres. A la même époque, Robert Warington expérimente un bac de 13 gallons contenant des poissons rouges, des Vallisneria et des escargots, créant ainsi l'un des premiers aquariums biologiquement équilibré ; il publie ses découvertes en 1850 dans le journal scientifique de la "Chemical Society".
Au Royaume-Uni, l'aquariophilie est devenue populaire suite à la Grande Exposition de Londres en 1851, et en 1853 le premier grand aquarium public a ouvert ses portes au Zoo de Londres. Philip Henry Gosse semble être la première personne à utiliser le terme "aquarium" (au lieu de "vivarium") en 1854 dans son livre intitulé The Aquarium: An Unveiling of the Wonders of the Deep Sea qui traite principalement d'aquarium d'eau de mer.
Dans les années 1870, les premiers clubs d'aquariophiles apparaissent en Allemagne. Les États-Unis suivent bientôt avec en 1858, la publication du livre The Family Aquarium par Henry D. Butler, l'un des premiers livres traitant uniquement d'aquariophilie aux États-Unis. Le premier club aquariophile américain a été fondé à New York en 1893. Le New York Aquarium Journal, publié pour la première fois en octobre 1876, est considéré comme le premier magazine aquariophile du Monde.
L'aquariophilie est devenue bien plus populaire avec l'électrification des maisons. L'électricité a permis de grandes avancées technologiques dans ce domaine, en permettant l'éclairage artificiel de même que l'aération, la filtration et le chauffage de l'eau. Les sacs d'emballage plastique ont fait leur apparition dans les années 1950, facilitant grandement l'expédition de poissons vivants. Dans les années 1960 un grand pas est franchi: l'armature métallique rendait jusqu'alors quasiment impossible l'utilisation d'aquariums en eau de mer à cause de la corrosion, mais le développement des colles silicones permet la construction d'aquariums en verre collé.
Les techniques de fitration et les types d'éclairages de la fin du XXème siecle ont ameliorer et élargi la gamme des aquariums et la maintenance des populations de vertebres, d'invertebres, des plantes
